三吉屋を語る上でファンの間で常に熱い議論が交わされるのが、三吉屋 本店と駅南けやき通り店の違いです。
古町・西堀の路地に店を構える「本店」が、昭和の屋台創業時からのノスタルジックな空気感と静謐な風情を色濃く残すのに対し、「駅南けやき通り店」は新潟駅南口のモダンなけやき並木沿いに立地。開放的で活気のある店内レイアウトが特徴的です。
提供されるラーメンの基本構成は同じ系譜にありながら、細部の表情には店舗ごとの個性が光ります。ファンの間では、駅南けやき通り店の一杯は「出汁の輪郭がやや鮮明で、スープの温度感や醤油のキレが際立っている」と評されることも少なくありません。また、夜の居酒屋やバーが立ち並ぶエリア柄、お酒を嗜んだ後の締めの一杯として訪れる客層も多く、時間帯によって異なる活気ある空気感を楽しめる点も駅南店ならではの魅力と言えます。