組織のカリスマ的指導者が去った後のカリスマ無き指導体制のあり方も、両団体の運命を分けている。創価学会の最高指導者として長年にわたり組織をけん引した池田大作名誉会長の死去後、学会は合議制による集団指導体制への移行を整え、会員層の高齢化に対応する組織改革に着手した。池田氏が築いた平和・文化・教育の理念を前面に掲げることで、社会的な摩擦を最小限に抑える広報戦略が功を奏している。
一方、文鮮明総裁が創始した教団は、同氏の死去に伴い激しい後継者争いと派閥分裂を経験した。本家を主張する家庭連合と分裂派首脳陣との法廷闘争は現在も続いており、カリスマ失墜に伴う内部統制の弛緩が数々の違法な資金流出を招いたとされる。教祖による絶対的指令に依存する組織構造が、現代の法治国家におけるコンプライアンス要求に適応できなかったことが、解散命令要請という最大の危機を招いた主因と言える。
