公営施設であるため、名古屋市立第二斎場の料金体系は条例によって明瞭に定められています。最も重要な基準となるのが「亡くなった方、または火葬許可を申請する主たる親族が名古屋市民であるかどうか」という点です。
名古屋市の火葬場における市民料金の適用基準と主な費用は以下の通りです。
◆ 火葬室使用料（基本料金）
・大人（12歳以上）：名古屋市民 5,000円 ／ 市外利用者 70,000円
・小人（12歳未満）：名古屋市民 2,500円 ／ 市外利用者 35,000円
・死産児：名古屋市民 1,200円 ／ 市外利用者 17,000円
市民料金が適用されると、民間斎場併設の火葬炉や市外利用に比べて費用を大幅に抑えられます。市民かどうかの判定は「死亡者の住民票」が名古屋市内にあるか、あるいは申請者（施主）が名古屋市民であり所定の親族関係を満たしているかで判断されます。
火葬待機時間中に利用する名古屋市立第二斎場の休憩室（個室待合室）は有料で用意されており、和室や洋室タイプが1室あたり3,000円〜5,000円前後の市民料金で手配可能です。無料のオープン待合ロビーも用意されていますが、親族で落ち着いて過ごすためには専用個室の予約が推奨されます。
