現代において永小作権が完全に姿を消したかといえば、そうではありません。司法書士や土地家屋調査士など、不動産登記の最前線に立つ実務家の間では、今なお「予期せぬ地雷」として遭遇することがあります。
法務省の登記統計を調査しても、年間で新規に設定される永小作権の登記は皆無に等しいのが実態です。しかし、地方の山林や耕作放棄地、あるいは代々受け継がれてきた古い農地の相続登記を行う際、登記簿の乙区（所有権以外の権利部）に「明治〇年設定」「大正〇年設定」と書かれた永小作権が生き残っているケースが報告されています。
かつて設定されたまま、存続期間の満了後も抹消登記が放置され、100年以上も登記簿上に幽霊のように居座り続けている権利です。このような休眠状態の永小作権が残っていると、土地の売買や開発、担保設定が一切不可能になります。抹消するためには永小作権者（またはその相続人）と共同で手続きを行わなければなりませんが、すでに権利者が3世代、4世代前に他界しており、戸籍を辿ると全国に散らばる数十人から100人以上の相続人を探し出さなければならないという凄惨な実務トラブルに発展します。
現場の司法書士からは、「不在者財産管理人の選任申立てや、裁判所を介した休眠担保権・用益権の抹消訴訟を起こさざるを得ず、解決までに数年と莫大な費用を要した」という悲痛な証言が後を絶ちません。永小作権は「使われていない」からといって無害なのではなく、過去の遺産として土地所有者を苦しめる法的リスクとして現存しているのです。
