私生活では、1973年に元フジテレビの敏腕ディレクター・プロデューサーであった岡田太郎氏と結婚しました。当時、吉永小百合が28歳、岡田氏が43歳という15歳の年齢差や、岡田氏が再婚であったことから大きな注目を集めました。
女優業の多忙さから声が出なくなるほどの心身の危機に陥っていた時期、岡田氏の献身的な支えによって救われたことが結婚の決め手となりました。ふたりの間に子供はいませんが、お互いの仕事を深く尊重し合い、50年以上にわたって深い信頼で結ばれた理想の夫婦関係を築き上げました。
近年、岡田氏が高齢のため他界された際も、吉永小百合は深い感謝の念を胸に気丈に前を向き、映画人としての歩みを止めることはありませんでした。家庭人としての静かな充実が、女優としての表現にさらなる深みを与えています。