第二本庁舎へのアクセスは、利用する交通機関や天候によって最適なルートが分かれます。迷わず最短でアクセスするための移動手順を整理しました。
最も直感的で迷わないのが、都営地下鉄大江戸線を利用するルートです。都庁前駅 アクセスでは、改札口を出た後、「第二本庁舎方面」の誘導サインに従って進むと、地下通路を通じて直接第二本庁舎の地下エントランスまたは地上フロアへ直結しています。雨天時でも傘を一切開くことなく館内へ入れるのが大きなアドバンテージです。
JR各線・小田急線・京王線・東京メトロ丸ノ内線を利用する場合は、新宿駅 都庁 徒歩ルートを活用します。新宿駅西口の地下改札を出た後、西口地下広場から真っ直ぐ西へ伸びる「動く歩道（地下道）」を進みます。地上に出ることなく京王プラザホテル前を抜け、東京都庁方面へ約10分〜12分歩くと都庁舎地下エリアに到達します。第二本庁舎は第一本庁舎の南隣に位置するため、連絡通路を左手（南側）へ進むとスムーズです。
お車を利用する場合は、都庁通り沿いに地下駐車場への進入路が設けられています。都庁第二本庁舎 駐車場は機械式・自走式が組み合わされており、最初の1時間は30分あたり150円〜200円程度（以降30分ごとの加算設定）と、西新宿エリアの民間コインパーキング相場（1時間800円〜1,200円）と比較して非常に割安な公共料金で設定されています。ただし、平日の日中は公用車や納品車両の出入りも多いため、混雑状況には事前の注意が必要です。
