現在の指揮系統は、終戦直後から段階的に整備されてきた歴史的産物です。自衛隊指揮系統の経緯と詳細まとめとして、その歩みを振り返ります。
1950年の朝鮮戦争勃発に伴い創設された「警察予備隊」では、総理府の直轄機関として首相が直接の指揮権を持ちました。その後、1952年の「保安隊」を経て、1954年に防衛庁・自衛隊法が施行され、正式に陸上自衛隊・海上自衛隊・航空自衛隊が発足します。
発足当初は陸海空の各幕僚長が並列し、統合運用能力に課題を抱えていました。2006年の防衛庁改革によって「統合幕僚監部」が新設され、陸海空を一本化して統括する統合幕僚長体制が確立。さらに2007年には防衛庁が「防衛省」へと昇格し、首相を頂点とする一元的な文民統制と統合運用の基盤が完成しました。