この惨事を受け、国の衛生行政は根底からの刷新を迫られた。厚生労働省は事態を重く見て、牛生食用食肉の取り扱い基準を大幅に厳罰化。従来の緩やかな「衛生基準」を罰則付きの強制規格へと引き上げる食品衛生基準改正プロジェクトが急ピッチで進められた。
新基準では、生食用牛肉を処理できる施設設備を厳格に限定し、肉の表面から深さ1センチ以上の部分を60度で2分間加熱殺菌することなどが義務付けられた。これにより、街の一般的な焼肉店から安価なユッケや牛刺しが一夜にして姿を消した。業界からは過剰規制との反発も一部で上がったが、度重なる食中毒リスクを根絶するためには避けられない大手術だった。
