アクアシティお台場へのアクセスは、新交通ゆりかもめと東京臨海高速鉄道りんかい線の2路線が利用可能です。
最寄り駅の一つである「台場駅」からは徒歩約1分、ペデストリアンデッキで直結しています。もう一つの拠点である「お台場海浜公園駅」からの徒歩ルートは、改札を出て北口側の歩行者専用デッキを進み、デックス東京ビーチの連絡通路を経由して徒歩約6分で到着します。雨天時でもデッキの大半に屋根があるため、濡れずにアクセスしやすいのがメリットです。
車でアクセスする場合、施設地下に約900台収容の大規模駐車場を完備しています。基本料金は平日・休日ともに1時間あたり約500円〜600円程度（時間帯・時期により改定あり）。館内でのお買い物や飲食金額に応じた駐車サービス（例：3,000円以上で1時間無料、5,000円以上で2時間無料など）が設定されており、映画鑑賞による追加割引サービスも適用されます。週末の午後出庫時は出入口が混雑するため、余裕を持った出庫が推奨されます。
