ウイルスに感染したからといって、直ちに病気を発症するわけではありません。感染者の約90％においては、自身の免疫機能によって2年以内にウイルスが自然に排除されます。これがヒトパピローマウイルス自然治癒のメカニズムです。
しかし、残る約10％のケースでウイルスが排除されずに「持続感染」へと移行します。持続感染が長期間に及ぶと、子宮頸部の細胞が徐々に変化する「異形成（軽度異形成CIN1 → 中等度異形成CIN2 → 高度異形成CIN3 / 上皮内がん）」と呼ばれる前がん病変を経て、数年から十数年をかけて浸潤がん（子宮頸がん）へと進行していきます。
一方で、見過ごされがちなのが男性側のリスクです。男性が感染した場合、多くは無症状のまま経過しますが、免疫低下や体質によってヒトパピローマウイルス男性症状として以下のような病変が現れます。
- 尖圭コンジローマの発症：陰茎の亀頭、包皮、冠状溝、肛門周囲にカリフラワー状・鶏冠（とさか）状の痛みのないイボが多発する。
- 中咽頭がん・肛門がん・陰茎がんのリスク：オーラルセックスなどを介して咽頭粘膜にハイリスク型HPVが持続感染し、近年特に若年〜中高年男性の中咽頭がん罹患率が増加傾向にあります。
- パートナーへの無自覚な伝播：男性自身が無症状のキャリア（保菌者）となり、意図せずパートナーへウイルスを感染させてしまう連鎖が生じます。
