芦ノ湖を訪れた旅行者が現場で最も混乱するのが、湖上を走る船が「1種類ではない」という事実です。ネット上の口コミや知恵袋でも頻繁に相談が寄せられる芦ノ湖遊覧船 海賊船 違いの理由は、昭和の鉄道・観光史に名を刻む「箱根山戦争」と呼ばれる小田急電鉄グループと西武グループ（伊豆箱根鉄道）の縄張り争いに端を発しています。
一般的に「海賊船」と呼ばれる派手な大型帆船は、小田急グループに属する箱根観光船株式会社が運航しています。一方、双胴船（カタマラン）を中心とした落ち着いたデザインの船は、西武グループの伊豆箱根鉄道株式会社が手掛ける「芦ノ湖遊覧船」です。両者は運航会社が完全に異なり、使用できる割引パスや発着する乗り場も明確に分断されています。
旅行者が最も警戒すべきは、小田急グループが発行する最強の観光手形「箱根フリーパス」の適用範囲です。箱根フリーパス 海賊船 乗り場 詳細まとめを確認すると、フリーパスで追加料金なしに乗船できるのは「箱根海賊船」の普通船室のみとなっています。西武系の芦ノ湖遊覧船乗り場にフリーパスを持って行っても乗船することはできません。特に「元箱根」エリアには、箱根観光船の「元箱根港」と伊豆箱根鉄道の「元箱根港」が徒歩数分の距離に隣接して存在しており、乗り場を間違えて予定していた便を逃すトラブルが多発しています。
