物語の終盤、イーサンは手元に残された唯一の血清を「妻ミア」に打つか、脱出の手助けをしてくれた「ゾイ」に打つかの二者択一を迫られます。この選択によって物語は2つの結末へと分岐します。
ミアを選択した場合（正史ルート）：ミアと共に船へ向かい、ミアの奮闘によってイーサンが救出され、最終的にエヴリンを打ち倒して2人で生還するエンディングです。『ヴィレッジ』へと物語が直結する公式の正史ストーリーとなります。
ゾイを選択した場合（バッドエンドルート）：ゾイと共にボートで脱出を図るものの、エヴリンの怒りに触れたゾイはボート上で石化・結晶化して命を落とします。その後、廃船内でイーサンは特異菌に完全に支配されたミアと再び対峙し、自らの手で妻を完全に葬らざるを得なくなるという救いのない結末を迎えます。
本編で描き切れなかった謎やサイドストーリーは、充実した追加ダウンロードコンテンツ（DLC）によって完全に補完されました。
- Banned Footage Vol.1 & Vol.2：下水管調査隊の悲劇（『ナイトメア』）や、監禁されたクランシーがマーガレットの目を盗んで脱出を図る『ベッドルーム』、ルーカスの悪辣なデスゲーム『21』など、屋敷の恐怖を深化させる短編集。
- Not A Hero：クリス・レッドフィールドを操作し、コネクションへの情報提供を企て逃走したルーカス・ベイカーを追いつめる正統派ガンアクション後日譚。
- End of Zoe：ジャックの兄である野生味溢れる老人「ジョー・ベイカー」が主人公。素手と強烈なパンチでモールデッドを粉砕しながら、石化の危機に瀕した姪のゾイを命がけで救出するエモーショナルな最終章。
