慶應義塾中等部に入学後、芦田愛菜が選んだ放課後の居場所はマンドリンクラブでした。中学から本格的に楽器演奏に取り組み、イタリア発祥の弦楽器であるマンドリンの繊細な音色に熱中。同級生たちと共にアンサンブルの練習に励み、秋の学校行事（展覧会等）や定期演奏会では熱のこもった演奏を披露していました。
芸能活動を段階的に再開しながらも、中学校の行事や部活動を欠席することは極めて稀でした。「学校にいる間は特別な存在ではなく、一人の生徒として仲間と同じ時間を分かち合いたい」という姿勢を崩さず、教員や同級生からも厚い信頼を寄せられていたと伝えられています。
日々の学業成績においても上位をキープし続けました。慶應義塾中等部から慶應女子高校への内部進学は全員が無条件で進めるわけではなく、日頃の定期試験や提出物、生活態度の積み重ねが厳格に評価されます。彼女は撮影の合間にも学校の教科書やノートを開き、地道な予習復習を怠りませんでした。この堅実な努力の継続が、慶應女子高への進学、そして最難関とされる慶應義塾大学法学部政治学科への進学へと結実することになります。
