九国大付の看板を語る上で欠かせないのが、全国屈指の実績を誇るクラブ活動の存在です。単に競技が強いだけでなく、プロアスリートや日本代表を継続的に輩出し続ける育成システムが確立されています。
代表格である九国の野球部成績は、甲子園（選抜・全国選手権）への複数回出場と上位進出、さらにはプロ野球ドラフト会議での指名選手輩出など、全国的な強豪として名を馳せています。長打力を重視したアグレッシブなプレースタイルは、高校野球ファンのみならずプロスカウトからも熱い視線を集めます。
また、九州国際大学付属高校サッカー部は、全国高校サッカー選手権大会やインターハイの福岡県代表常連校であり、東福岡高校などの強豪と鎬を削る激戦区・福岡において常に頂点を争うトップチームです。
そして、世界の舞台へと選手を送り出し続ける九国大付のバドミントン部は、オリンピックメダリストを筆頭に日本代表選手を多数育成。全国高校総体（インターハイ）や全国選抜大会での全国優勝回数は群を抜いており、全国からトップジュニアが集まる拠点となっています。
