「50万円もの大金を支払ったのだから、国からまとまったお金が戻ってくるはず」と期待する方は多いですが、医療費控除で手元に戻る金額は「支払った全額」ではありません。制度の本質は「医療費が多くかかった年の所得税と住民税を安くする」という税負担の軽減措置です。
医療費控除で戻ってくるトータルの金額は、以下の2重のルートで構成されています。
① 所得税の還付金（申告後、指定口座に直接現金で振り込まれる）
② 住民税の減税額（翌年6月以降に徴収される住民税が安くなる）
具体的な計算は、まず税務上の「控除額」を算出することから始まります。総所得金額等が200万円以上の場合、基本計算式は以下の通りです。
【医療費控除額の計算式】
（実際に支払った医療費の合計額 － 保険金などで補填された金額） － 10万円 ＝ 医療費控除額（上限200万円）
生命保険の入院給付金や高額療養費などの補填がない場合、医療費が50万円であれば「50万円 － 10万円 ＝ 40万円」が控除額となります。この40万円に、ご自身の「所得税率」と「住民税率（一律10%）」を掛け合わせたものが、実質的に手元に残るお金です。
