南阿蘇鉄道の全線運転再開に至る経緯は、まさに地域と鉄道関係者が一体となって成し遂げた不屈の復興ドラマです。2016年の熊本地震において、同線は震源地に極めて近い立野〜高森間（17.7km）の全域で甚大な被害を受けました。とりわけ景勝地として知られた第一白川橋梁の骨組歪みや、山腹崩壊に伴う犀角山トンネルの圧壊・変形は極めて深刻で、一時は路線維持そのものを懸念する声が上がったほどでした。
転換点となったのは、特定大規模災害等鉄道施設災害復旧事業の適用による公的支援の決定です。国、熊本県、沿線自治体が手を取り合い、最新の耐震工学と架設技術を結集して復旧工事が進められました。そして2023年7月15日、約7年3か月ぶりに全線での運行が再開され、阿蘇谷に再び警笛が鳴り響いた瞬間は全国で大きな感動を呼びました。
さらに復興の目玉として実現したのが、JR豊肥本線・肥後大津駅への乗り入れ直通運転です。新型気動車「MT-4000形」を2両導入し、JR線乗り入れに必要な保安装置（ATS-DK）を搭載。この直通化により、阿蘇くまもと空港から無料シャトルバス（空港ライナー）で結ばれる肥後大津駅と南阿蘇エリアがシームレスにつながり、観光客のみならず沿線住民の通勤・通学利便性も飛躍的に改善されました。
