本能寺の変における最大の謎は、首謀者である明智光秀がどれほど血眼になって探しても、信長の首級はおろか遺骸すら回収できなかった点にある。謀反を成功させた光秀にとって、天下に自らの正当性を示し、各地の諸大名を従属させるためには「信長の首」が絶対に不可欠だった。寺の焼け跡を徹底的に捜索させ、灰をふるいにかけさせても何も出てこなかった事実は、当時から奇怪な事件として囁かれていた。
最新の歴史研究では、信長の遺体が発見されなかった理由について、火薬を用いた建物の爆破・完全焼失説から、側近による秘密裏の埋葬、あるいは阿弥陀寺への密搬出説まで多角的な検証が進む。とりわけ、寺院構造の熱力学的試算からは、人間の骨や歯が短時間の木造火災で完全に灰化・消滅することは物理的にあり得ないとする指摘が有力視されている。遺体が「燃えて消えた」のではなく「意図的に隠された」とすれば、切腹という最期そのものが後世の演出であった可能性も否定できない。
