同校の革新性を語る上で欠かせないのが、少女マンガ界の金字塔を打ち建て、後に学長も務めた竹宮惠子氏の功績である。竹宮氏が提唱した「マンガを学問として体系化する」という情熱は、現在のマンガ学部や研究活動に脈々と受け継がれている。さらに、京都府京都市と共同運営する京都国際マンガミュージアムは、世界中から研究者やファンが集まるメディア芸術の巨大拠点として機能している。
同時に、芸術学部を中心とするコンテンポラリーアートの領域でも存在感を放つ。従来の絵画や彫刻の枠組みにとらわれず、デジタル技術や社会派インスタレーションを掛け合わせた現代美術の表現者は、国内外のビエンナーレやギャラリーで高い評価を獲得している。