「雨の日は運行中止になるのでは？」という疑問を持つ方は多いですが、スカイダックは基本的に雨天決行です。屋根はあるものの側面には窓ガラスがないオープン構造のため、雨の日は乗車時に専用の使い捨てレインコートが配布されます（車内での傘の使用は安全上禁止されています）。
ただし、以下のような気象条件・河川状況の場合は、運航見合わせやコース変更が発生します。
- 全便運休となるケース：台風の接近、暴風警報の発令、周辺での落雷の危険がある場合。
- 陸上のみの運行（スプラッシュ中止）となるケース：大雨による旧中川の急激な増水、強風による波浪、河川の水位制限を超過した場合。
「少雨であれば水上の非日常感を楽しめる」一方で、風雨が強い日は横から雨風が吹き込むため、足元や持ち物が濡れないようビニール袋を持参するなどの自衛策が推奨されます。運行可否は当日朝に公式サイトや電話窓口で速報されるため、天候が怪しい日は出発前の確認が欠かせません。
