高校受験において最も関心を集める二松学舎大学附属高校の偏差値は、受験生の学力層や将来の進路希望に応じて2つのコースに明確に分かれています。
難関国公立大学や早慶上理、GMARCHの現役合格をターゲットとする二松学舎大学附属高校の特進コースは、大手模試（Vもぎ・Wもぎ等）において偏差値60〜62前後の水準を安定して維持しています。週6日制の導入や放課後の特別講座、長期休暇中の進学キャンプなど、予備校要らずの手厚いカリキュラムが組まれている点が大きな特徴です。
対して、部活動との完全両立や系列大学への内部進学、さらには指定校推薦を視野に入れる進学コースは偏差値53〜55近辺に位置しています。放課後の時間を部活動や課外活動にしっかりと充てられる設計となっており、生徒の自主性が尊重される環境です。
近年の二松学舎大学附属高校の進学実績を紐解くと、特進コースの躍進が数字に表れています。明治大学、青山学院大学、立教大学、中央大学、法政大学といった難関私立への合格者数を着実に伸ばしているほか、国公立大学への合格実績もコンスタントに記録。さらに、併設校である二松学舎大学（文学部・国際政治経済学部）への内部進学推薦枠を確保しながら他大学を受験できる「併願推薦制度」を活用できる点も、受験生にとって精神的なセーフティネットとして機能しています。
