平戸ザビエル記念教会を訪れるにあたり、最も念頭に置くべきは「観光施設ではなく現役の宗教施設である」という原点です。観光客の受け入れを行っているものの、信徒の方々が日々祈りを捧げる場所であるため、一般的な観光名所とは異なる厳格なルールが存在します。
聖堂内へ足を踏み入れる際は、以下の基本規律を遵守してください。
- 聖堂内部の写真・動画撮影および録音の全面禁止：外観の撮影は自由ですが、聖堂内部にカメラを向ける行為は一切認められていません。スマートフォンを取り出しての操作もトラブルの元となるため控えましょう。
- 脱帽と静粛の保持：建物に入る前に帽子を脱ぎ、携帯電話はマナーモードに設定の上、会話は最小限の囁き声にとどめてください。
- 適切な服装の選択：極端に露出の多い服装（キャミソール、短パン、深いスリットなど）や、ビーチサンダル等の足音が響く履物での入場は慎むのが礼儀です。
- 祭壇（内陣）への立ち入り禁止：聖堂前方の祭壇周辺は聖職者のみが入る神聖な領域です。ロープや柵で区切られたエリアには絶対に侵入しないでください。
- 飲食・喫煙の禁止：聖堂内はもちろん、敷地境内での飲食・喫煙は厳禁です。
また、カトリック平戸教会のミサ時間（主に日曜日早朝や祝日など）や冠婚葬祭の執り行い中は、信徒の典礼が最優先されます。ミサの最中は一般観光客の聖堂内見学が制限される場合があるため、日曜午前の訪問を計画している場合は時間帯に十分な配慮が必要です。
拝観料については、寺院のような明確な入場料金は設定されていません。しかし、昭和初期に建てられた貴重な近代建築を維持・清掃・保全していくためには多大なコストがかかります。聖堂入口付近に設置されている献金箱に、志（1人あたり100円〜300円程度が一般的な目安）を納めるのが、礼節ある訪問者のマナーとして定着しています。
