超音波機器を使用する際、コウモリへの忌避効果以上に慎重に配慮しなければならないのが、同居する人間および愛玩動物（ペット）に対する身体的・生理的影響です。「人間には聞こえないから無害」というセールスコピーは、すべての世帯に当てはまるわけではありません。
まず人間への影響について、成人の可聴域はおよそ15kHz〜17kHz程度まで低下するのが一般的ですが、10代の青少年や幼児は20kHz前後の高い高周波音を鮮明に聞き取ることが可能です。撃退器の出力が可聴域付近（18kHz〜22kHz）までスイープ（変動）するタイプの場合、子供や聴覚の鋭い若年層には金属的な耳鳴りや強烈な不快音として知覚されます。これにより、長時間の作動に伴う頭痛、耳鳴り、吐き気、集中力の低下を訴え、機器の使用中止に至る家庭が少なくありません。
さらに深刻なのが、同居ペットへの影響です。主要なペットの聴覚領域は人間よりも格段に広く、超音波機器の作動帯域と完全に重複しています。
【ペットの可聴域と想定されるリスク】
- 犬（可聴域：約15Hz〜65,000Hz）：撃退器が発する高周波を直接聞き取ります。持続的な不快音により、理由の分からない無駄吠え、異常な震え、食欲不振などの重度なストレス兆候を示す事例が報告されています。
- 猫（可聴域：約55Hz〜79,000Hz）：犬以上に高音域に対して鋭敏です。超音波機器を設置した部屋への立ち入りを極端に嫌がり、排泄の粗相や自律神経の乱れを引き起こすケースがあります。
- ハムスター・フェレット・ウサギ等の小動物（齧歯類など）：超音波帯域を個体同士のコミュニケーションや警戒音として利用しているため、撃退器の作動は生命の危機に直結するほどのパニックや衰弱を招く危険性があります。小動物を飼育している家屋での使用は原則として禁忌です。
