「自宅の敷地内なのだから、どんな鳥の巣でも撤去して構わないだろう」と思い込んでいると、思わぬ法的トラブルに巻き込まれます。日本の法律である鳥獣保護管理法（鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律）では、野生鳥獣やその卵を無許可で捕獲・採取・損傷することが固く禁じられています。
行政機関や環境省の指針によると、「卵やヒナが入っているツバメの巣」を無断で撤去・破壊する行為は明確な法律違反に該当し、1年以下の懲役または100万円以下の罰金という重い罰則の対象となります。たとえ自身の所有するマイホームの玄関ポーチであっても、例外は認められません。
どうしても子育て中に撤去しなければならない正当な理由（衛生上の深刻な実害や建物の倒壊リスクなど）がある場合は、各自治体（都道府県の環境部局や市区町村の鳥獣担当窓口）へ「捕獲等許可申請」を提出し、正式な許可を得る必要があります。しかし、単に「汚れるから」「フンが嫌だから」といった日常的な理由では許可が下りないケースが大半です。
ただし、法的に保護されるのはあくまで「卵」や「ヒナ」が存在する巣です。産卵前の作りかけの巣（泥が少し付着した段階）や、ヒナが巣立った後の完全に空になった巣であれば、家主が自ら撤去しても法的な問題はありません。だからこそ、ツバメ対策は「最初の卵が産み落とされる前」にすべてを完了させることが不可欠となります。
