みそぎ団子が初夏にだけ姿を現す最大の理由は、日本古来の年中行事である「夏越の祓（なごしのはらえ）」と深く結びついている点にあります。古くから1年の折り返し地点にあたる6月30日には、神社で茅の輪（ちのわ）をくぐり、知らず知らずのうちに身についた半年の罪や穢れを祓い清める「禊（みそぎ）」の神事が行われてきました。
京都ではこの時期に三角形の外郎生地に小豆をのせた「水無月（みなづき）」を食べる風習が有名ですが、岐阜の濃尾平野一帯、特に木曽川・長良川の水運と農業で栄えた羽島郡周辺では、独自の「みそぎ団子」が発展しました。丸い団子は「清らかな魂」や「円満」を象徴し、竹串に刺して火で炙ることで「厄を焼き払う」という意味が込められています。
さらに、田植えの目安とされる雑節「半夏生（はんげしょう）」（7月2日頃）の農村文化も重なっています。過酷な田植え作業を終えた農民たちが、疲労回復とこれからの豊作を祈願し、貴重な糖分であるあんこと塩分・アミノ酸を補給できる味噌を組み合わせて団子を作ったのが始まりとされています。厄除けの神事と農作業の知恵が融合して生まれた、必然性のある郷土菓子なのです。
