物語が終盤に向かうにつれて、人間と猫という種族の違いがもたらす切ない現実が浮き彫りになります。Meow the Secret Boy 結末 ネタバレに触れると、ホンジョが人間に変身し続けることは、彼の猫としての寿命と生命エネルギーを削る行為であることが明かされます。ソラのそばで人間として生き続けたいと願いながらも、次第に変身できる時間が短くなっていくホンジョの葛藤は、涙なしには見られません。
劇中を彩るMeow the Secret Boy OST 主題歌（元GFRIENDのオムジが歌う『Welcome』など）の透明感あふれるメロディが、二人の別れと絆をよりドラマティックに演出します。最終的にホンジョは猫の姿に戻ることを選ばざるを得なくなりますが、ソラは猫であっても人間であっても、彼が自分に注いでくれた愛の記憶を胸に前へ進みます。そして数年の歳月が流れたラストシーン、再び奇跡のようにソラの前に現れたホンジョの姿は、観る者に愛の本質を問いかける最高のカタルシスをもたらします。SNSやレビューサイトに寄せられるおかえり ただいまのキスは屋根の上で 感想を見ても、「切ないけれどこれ以上ない救いのあるエンディング」「静かに涙が溢れ出た」といった絶賛の声が並んでいます。
