副業所得が20万円以下であっても、医療費控除やふるさと納税（ワンストップ特例を利用しない場合）、住宅ローン控除（初年度）などのために税務署へ確定申告を行う場合は手続きの優先順位が変わります。
確定申告書を税務署へ提出すると、そのデータが自動的にお住まいの自治体へ連携される仕組みになっています。そのため、税務署で確定申告書を提出する際は、副業所得が20万円以下であっても申告書内にすべて記載しなければなりません。確定申告書を出しながら副業所得だけを除外して住民税申告を別で行うことは制度上できません。
確定申告書を作成する際、第二表にある「住民税に関する事項」で「自分で納付」に印をつけることで、住民税申告書を別途役所に提出する手間を省き、ワンストップで普通徴収の手続きを完了させることができます。
