熱狂の渦が収まらぬ中、インターネット上の研究者コミュニティで細かな画像改ざんの指摘が相次いだ。実験結果を示す画像の流用や不自然な加工痕。疑惑の目は瞬く間に拡大し、組織全体への不信感へと発展していく。
事態の急変を受け、研究拠点であった理化学研究所は調査委員会を設置。綿密な検証の末、不正行為の存在を認めざるを得ない事態となり、前代未聞の論文不正撤回問題へと発展した。影響はそれだけに留まらず、小保方氏の母校である早稲田大学での博士論文にも審査のメスが入り、最終的に学位取り消しという極めて異例の事態にまで及んだ。
