花畑牧場の歩みは決して順風満帆な成功談だけではありません。2022年、同社の中札内工場に勤務していたベトナム人技能実習生らとの間で発生した労使対立および損害賠償請求訴訟は、全国的なニュースとして大きく報じられました。
事の発端は、光熱費の急激な値上げ改定に対する実習生側の抗議活動（ストライキ）と、それに対する会社側の契約満了手続きや損害賠償請求でした。ネット上では「労働搾取ではないか」「経営陣の姿勢に問題がある」といった厳しい批判が相次ぎ、企業の社会的信用が大きく揺らぐ事態となりました。
その後、双方は労働組合を通じた協議を重ね、2022年秋に会社側が訴訟を取り下げ、和解が成立しています。会社側は実習生への説明不足を認め、宿舎の管理体制や雇用環境の改善策を公表しました。一連の騒動は、急拡大する製造ラインにおける外国人材マネジメントの難しさと、コンプライアンス（法令順守）体制の再構築という大きな経営課題を突きつける契機となりました。
