六君子湯の臨床的な処方頻度が跳ね上がっている領域が、逆流性食道炎（特に非びらん性胃食道逆流症：NERD）および機能性ディスペプシア（FD）の治療現場です。日本消化器病学会が策定する「機能性消化管疾患診療ガイドライン」においても、六君子湯はエビデンスレベルの高い推奨薬として明確に位置づけられています。
胃内視鏡検査を行っても粘膜に明らかな潰瘍や炎症が見当たらないにもかかわらず、みぞおちの痛みや胃もたれが続く機能性ディスペプシアにおいて、六君子湯は胃底部の貯留能と前庭部の運動促進という二重のアプローチで症状を寛解へ導きます。胃が硬くこわばって食事を受け付けない状態をほぐし、十二指腸へとスムーズに内容物を送り届ける生体リズムを再構築します。
逆流性食道炎の標準治療薬であるプロトンポンプ阻害薬（PPI）やカリウムイオン競合型アシッドブロッカー（P-CAB）を服用しても、「胸焼けや呑酸（酸っぱいものが上がってくる感覚）が治まりきらない」と訴える患者は全体の約2〜3割存在します。胃酸を強力に抑えても、胃から食道への逆流現象そのものや、食道粘膜の知覚過敏が改善していなければ不快感は消えません。
医療現場では、PPIに「ツムラ六君子湯エキス顆粒43」を併用する処方が標準的な治療戦略の一つとして確立しています。六君子湯が胃排出を促進して物理的な胃内容物の逆流頻度を減少させると同時に、食道粘膜のバリア機能を保護する作用が報告されているためです。「酸を止める西洋薬」と「胃を動かして押し下げる漢方薬」のハイブリッド処方は、慢性胃痛に悩む患者の突破口となっています。
