単なるネタ投稿にとどまらず、なんJでは時にミステリー評論家顔負けの緻密な黒幕考察と伏線回収が繰り広げられてきました。ネット初期から長年囁かれていた「阿笠博士黒幕説」が作者・青山剛昌氏によって公式に否定された後、掲示板の考察班は原作の細部に散りばめられた暗号の解読に挑み続けました。
特に盛り上がりを見せたのが、組織のボスの正体が「烏丸蓮耶」と判明する前後の考察です。単行本30巻に登場した「黄昏の館」の主であり、半世紀前に謎の死を遂げたとされた大富豪の名が浮上した際、過去のコマ割りや登場人物のセリフ、アナグラムの可能性を検証するスレッドが乱立しました。
羽田浩司殺人事件に残されたダイイングメッセージ「U MASCARA」から「ASACA RUM」を導き出し、さらに「CARASUMA」へと再構築する暗号解読のプロセスでは、掲示板内でリアルタイムの集合知が発揮されました。ボスの目的が「不老不死」なのか「時間の逆行」なのか、APTX4869の開発意図と組織の真の狙いに迫る議論は、現在も本誌の連載更新ごとに熱く交わされています。