ほくろ（医学用語では「母斑細胞母斑」または「色素性母斑」）の除去において、健康保険が適用されるか否かは、患者側の希望ではなく医師による医学的診断によって厳格に判断されます。厚生労働省が定める健康保険法に基づき、日常生活に支障がない整容目的の処置はすべて自費診療（自由診療）の対象となります。
一般皮膚科においてほくろ除去の保険適用条件・基準を満たす主なケースは、大きく分けて次の2つのカテゴリーに集約されます。
第1に、悪性腫瘍（メラノーマや基底細胞癌など）の可能性が疑われる場合です。短期間で急激に巨大化している、輪郭がギザギザとして非対称である、色調に濃淡のムラがある、直径が6ミリを超えているといった特徴が見られる場合、皮膚科専門医はダーモスコピー（特殊な拡大鏡）を用いた検査を行い、確定診断のために切除生検（病理組織検査）を実施します。この一連の検査・手術プロセスには当然ながら保険が適用されます。
第2に、構造的な問題によって日常生活に明確な支障をきたしている場合です。例えば、「目の周りのほくろが隆起して視界の邪魔になっている」「髭剃りのたびに刃が当たって出血を繰り返す」「衣服や下着が擦れて日常的に強い痛みや炎症を起こしている」といった病態です。これらは機能改善を目的とした正当な医療行為とみなされ、保険診療の枠組みで治療を受けられます。
一方、「写真を撮ったときに目立つから消したい」「メイクの手間を減らしたい」「運気を上げたい」といった個人的な審美欲求に基づく処置は、美容皮膚科での違いとして明確に区分され、全額自費診療となります。保険診療と自費診療を同一部位で混在させて治療することは「混合診療の禁止」という日本の医療ルールにより原則として認められていません。
