私立高校を選択する上で避けて通れないのが経済的負担です。大阪学芸高校の初年度納入金（入学金、授業料、施設設備費等）はおおむね90万〜100万円前後が目安となります。
これに加えて制服・体操服代、教科書代、修学旅行積立金やタブレット端末代などの諸経費が別途発生しますが、大阪府内に在住する家庭であれば「大阪府私立高等学校等授業料無償化制度（所得制限の撤廃が進む支援金制度）」の対象となるため、実質的な授業料負担は大幅に軽減されます。
さらに、入試成績優秀者を対象とした独自の特待生制度（入学金や授業料の全額・半額免除）も用意されており、学力次第で経済的メリットを享受しながら質の高い教育を受けることが可能です。
