円楽一門会は、創始者である五代目圓楽を頂点とする強固な一門結束によって運営されてきました。五代目が2009年に逝去した後は、直弟子たちによる幹事会・総会を中心とした合議制組織へ移行しています。
歴代の会長職には、五代目の筆頭弟子である三遊亭鳳楽や、古典落語の名手として知られる三遊亭圓橘が就任し、一門の芸風と格式を守り抜いてきました。また、テレビ演芸界で絶大な発言力を持っていた六代目三遊亭円楽(旧名:楽太郎)は幹事長などの重職を務め、外部団体との交渉や若手の活動機会創出を一手に担う実質的なプロデューサーとして手腕を発揮しました。
現在の一門会は、最高顧問格の三遊亭鳳楽や三遊亭圓橘、そして『笑点』でも親しまれる三遊亭好楽らが精神的支柱となり、所属落語家は約50名規模を維持しています。独自の香盤(序列)制度に基づき、前座・二ツ目・真打の昇進管理を行っており、外部の協会に依存しない自律的な評価システムを確立しています。
現在の一門会には、爆発的なフラと古典の解釈力でチケット即完売を連発する三遊亭兼好、破天荒かつ緻密なナンセンス落語で熱狂的ファンを持つ三遊亭萬橘、五代目圓楽の孫弟子世代としてメディア・高座双方で頭角を現す若手真打など、現代落語界のトップランナーが多数在籍しています。