MIペーストを使い始める際に最も混同されやすいのが、一般的な歯磨き粉との役割の違いです。市販の歯磨き粉には研磨剤や発泡剤が含まれており、歯の表面についた汚れや歯垢（プラーク）を物理的に落とす役割を持ちます。これに対してMIペーストは、汚れを落とすためのものではなく、歯に必要なミネラルを補給する「トリートメント剤」に位置づけられます。
したがって、MIペーストの塗る順番は「通常の歯磨きを完全に終えた後」が正解です。汚れが残ったままの歯に塗布してもミネラルがエナメル質に届きにくいため、まずは丁寧にブラッシングを行って清潔な状態を作り出します。
具体的なステップは以下の通りです。
1. 通常の歯磨き粉でブラッシングを行い、水でしっかり口をゆすぐ
2. 歯ブラシや綿棒、清潔な指先にMIペーストを約1cm（小豆大〜歯ブラシの植毛部半分程度）取り出す
3. 歯列全体、特に虫歯リスクの高い奥歯の溝や歯と歯茎の境目に塗り広げる
4. 塗布した状態で放置時間3分を目安にそのままキープする
この3分間の放置によって、ペーストに含まれる豊富なミネラルが唾液と混ざり合い、歯の表面へ徐々に浸透していきます。
