日本防衛隊は、怪獣の脅威に晒される日本を防衛するための超法規的組織だ。各部隊には長官、隊長、副隊長が配置され、討伐した怪獣の素材を利用して「識別怪獣兵器（ナンバーズ）」が開発される。この兵器は、過去に甚大な被害をもたらした「識別怪獣（コード付き怪獣）」の核や筋肉を精製して作られており、適合者には恐ろしいほどのパワーをもたらすが、同時に使用者の寿命を削るという残酷な代償が伴う。
原作者の松本直也が描く設定資料や作中の端々に散りばめられた伏線からは、防衛隊設立の歴史に暗躍する謎の存在や、怪獣8号発生の背景にある古代の因縁が見え隠れする。アニメ化に伴い一部明かされた未公開設定では、怪獣の発生原因が単なる自然災害ではなく、地球の構造的変異や人為的因子に絡んでいる可能性が示唆された。原作コミックスのクライマックスに向けて、これらの裏設定がどう回収されるのか期待が高まる。
