渋谷マークシティの最大の強みは、主要路線との直結性にあります。しかし、渋谷駅特有の多層構造ゆえに、ルート選びを誤ると不要な階段の昇降や人混みに巻き込まれることになります。快適に到達するための最短かつスムーズなルートを押さえておくことが重要です。
まずJR線各線（山手線・埼京線・湘南新宿ライン）を利用する場合、最も迷いにくいのが旧玉川改札方面（現・中央改札またはハチ公改札口階）から西口連絡通路を経由するルートです。岡本太郎の巨大壁画「明日の神話」が掲げられた連絡通路をそのまま直進するだけで、徒歩約2分で渋谷マークシティ・イーストモールの3階連絡口へフラットに接続します。
地下鉄（東京メトロ半蔵門線・田園都市線、副都心線・東横線）からアクセスする場合は、地下2階・地下3階のコンコースから「渋谷フクラス」方面や西口地下連絡通路を通じ、エスカレーターで地上階・ペデストリアンデッキへ上がるのが定石です。地下出口「A0」付近のエレベーターを利用すれば、地上へ出ることなくマークシティ地下1階（東急フードショー）へダイレクトに入館できます。
施設の中核をなす京王井の頭線渋谷駅の改札は主に2箇所存在します。最も利用者が集中する「中央口改札」はマークシティ2階に直結しており、ホーム前方に位置する「アベニュー口改札」は4階のレストランアベニュー直結という構造です。レストラン街へ直行したい場合やホテルへ向かう際は、アベニュー口を利用することで混雑する中央口の人波を回避できます。
