旅行計画において最も事前確認が不可欠となるのが交通手段です。自家用車やレンタカーで訪れる場合、高知自動車道の大豊ICまたは徳島自動車道の井川池田ICから国道32号線を経由し、県道へと進みます。国道32号線自体は整備された幹線道路ですが、祖谷渓方面へ分岐した後の山道（県道32号・45号など）には、現在も一部に見通しの悪い急カーブやすれ違い困難な狭隘区間が残存しています。運転に不慣れなドライバーは、日没前の明るい時間帯にチェックインを完了させる行程を組むことが鉄則です。
電車を利用する場合、祖谷渓温泉ホテル秘境の湯へのアクセス・送迎バスが極めて重要な移動手段となります。最寄り駅であるJR土讃線の「大歩危駅」からホテルまでは車で約15〜20分。ホテルが運行する無料送迎シャトルバスは事前予約制となっているため、特急列車の到着時刻に合わせて必ず宿泊予約時に申し込んでおく必要があります。
また、祖谷渓温泉ホテル秘境の湯の現在の営業状況および受け入れ体制については、館内の定期メンテナンスや休館日を除き、通年で安定した営業を継続しています。ただし、春の大型連休、お盆、そして10月下旬から11月中旬の紅葉ハイシーズンにかけては、祖谷渓温泉ホテル秘境の湯の混雑状況とネットの反応が示す通り、駐車場や日帰り入浴の受付ロビーが大変混雑します。混雑を避けて静かな秘境風情を堪能したい場合は、平日の宿泊か、正午過ぎのチェックイン直後〜夕食前の時間帯に温泉を利用するのが得策です。
