穏やかで安全に見える九十浜ですが、自然の海である以上、油断は禁物です。台風の接近時や南寄りの強い風が吹き込む日は、普段の静けさが一変して入り江内部に強い引き波（離岸流）が発生することがあります。監視員が遊泳注意や遊泳禁止のフラッグを掲げている場合は、無理に入水せず指示に従いましょう。
また、例年8月中旬のお盆を過ぎた頃からは、海水温の変化とともにアンドンクラゲやカツオノエボシなどの有毒クラゲが出現しやすくなります。刺されると激痛や腫れを引き起こすため、8月後半に遊泳する場合は長袖のラッシュガードやウェットスーツを着用し、クラゲ除けローションを塗布するなどの万全な自衛策が求められます。
