外来通院だけでなく、集中的な治療が必要な場合には入院加療が行われます。病棟は急性期病棟、依存症リハビリ病棟、医療観察法に基づく専門病棟などに分かれており、安全管理が徹底された環境下で療養が進められます。
入院費用については、公的医療保険の適用対象となりますが、治療期間が長期に及ぶケースも多いため、「高額療養費制度」や「限度額適用認定証」の事前申請を活用することが一般的です。食事療養費や差額ベッド代（個室希望時）は自己負担となるため、入院手続き時に医事課スタッフへ確認しておくと安心です。
また、入院患者への面会時間やルールは、患者本人の治療段階および感染症対策の方針によって厳格に定められています。原則として事前予約制や家族限定などの制限が設けられていることが多く、訪問前の確認が必須です。休職や各種福祉手当の申請に必要となる診断書の発行日数は、書類受付から通常2〜3週間程度を要するため、職場や行政機関への提出期限に余裕を持って申請手続きを行う必要があります。
