東京海洋大学の成り立ちを理解するうえで欠かせないのが、2003年に行われた東京水産大学と東京商船大学の統合です。水産講習所を起源とし水産増殖や海洋生物研究を牽引してきた東京水産大学と、岩崎弥太郎の私設商船学校をルーツに持ち日本の海運を支えてきた東京商船大学という、100年以上の歴史を持つ名門2校が融合して現在の姿が形作られました。
この歴史的背景から、大学は現在も機能別に2つのキャンパスと3つの学部で構成されています。
品川駅や天王洲アイル駅至近の品川キャンパスには、海洋生物の保全やバイオテクノロジー、食品開発を担う海洋生命科学部と、海底資源開発や洋上風力発電、海洋環境保全を研究する海洋資源環境学部が配置されています。一方、江東区の下町情緒を残す越中島キャンパスには、船舶の運航技術や自動運航船の開発、国際サプライチェーン物流を学ぶ海洋工学部が拠点を構えています。
越中島キャンパスには重要文化財である帆船「明治丸」が保存展示されているほか、大型操船シミュレータなど国内最高峰の海事訓練施設が整っており、両キャンパスともに他大学には決して真似のできない実学教育の場が完成されています。
