ザ・ハーモニーホールのアイデンティティを語る上で欠かせないのが、ステージ正面に堂々と鎮座するドイツ・ベルリンの銘器「カール・シュッケ社製パイプオルガン」です。1989年の開館に合わせて設置されたこの楽器は、3段の手鍵盤と足鍵盤、41のストップ（音色選択装置）、そして大小3,047本ものパイプで構成されています。
シュッケ社のオルガンは、明るく澄み渡った北ドイツ・バロック様式の透明な響きと、重厚でシンフォニックな低音の威厳を兼ね備えているのが特徴です。専任のオルガニストによる徹底した温湿度管理と繊細な整音作業が施されており、設置から年月を経た現在、松本の乾燥した内陸性気候に木材や金属が見事になじみ、円熟の音色を響かせています。
同ホールでは、世界的な名手を招聘するオルガンシリーズ演奏会をはじめ、ワンコインで気軽に名曲を楽しめるプロムナードコンサート、さらには市民向けパイプオルガンスクールなど、オルガン音楽の裾野を広げる自主事業が精力的に展開されています。視覚的にも美しく配置されたパイプ群がライトアップされる演奏会の空間体験は、音楽ファンならずとも一度は体験すべき価値を持っています。
