聖心女子大学への進学だけでなく、外部大学への小林聖心女子学院の進学実績も極めて堅調です。学年の約3割から4割が他大学へ進学しており、進路の多様化が進んでいます。
主な進学先には、京都大学・大阪大学・神戸大学をはじめとする難関国公立大学や、同じカトリック系列である上智大学、さらには早稲田大学、慶應義塾大学、関西学院大学・同志社大学・立命館大学・関西大学（関関同立）などが並びます。近年は医学部医学科や薬学系への合格者を輩出するなど、理系進路へのサポートも強化されています。
また、長年培ってきた信頼関係から小林聖心女子学院の指定校推薦枠は非常に潤沢です。上智大学のカトリック高等学校対象特別入試をはじめ、主要私立大学への指定校枠が多数用意されており、コツコツと校内成績を積み重ねてきた生徒が志望校合格を掴み取りやすい環境が整っています。
