住宅地や自然環境の中で両者に出くわした際、捕獲することなく数秒で識別するための基準は、実は非常にシンプルです。最大の違いは「生息している場所（陸か水か）」と「皮膚の質感」、そして「指の形」に集約されます。
まず、ヤモリとイモリの見分け方において最も確実なシグナルとなるのが皮膚の質感です。ヤモリはウロコに覆われたドライでサラサラとした皮膚を持ち、体色は周囲の壁や樹皮に同化しやすい灰色から褐色をしています。これに対してイモリは、皮膚呼吸を行う両生類特有の湿った質感をしており、背中側は黒褐色のザラザラとした質感、そしてお腹側には鮮烈な赤黒の斑点模様が広がっています。
また、両生類と爬虫類の違いは足の指先にも顕著に現れます。垂直なガラス窓やすべすべの壁を平気で駆け上がるのは、指の裏に特殊な微細毛を持つヤモリだけです。イモリは水かきに近い形状や細い指をしており、滑らかな垂直面を登る能力はありません。街灯の周りや家の外壁で見かけるものは、ほぼ100％ヤモリだと断定して差し支えありません。
なお、フィールドでしばしば混同されるトカゲとヤモリとイモリの違いを整理すると、トカゲとヤモリは共に爬虫類ですが、トカゲは昼行性でまぶたがあり（ヤモリには可動性のまぶたがなく透明なウロコで覆われている）、地面や草むらを素早く走ります。一方のイモリは水路や田んぼの水中・湿地に潜む両生類という、明確な住み分けが成り立っています。
