長崎商業を語る上で欠かせないのが、全国にその名を轟かせる長崎商業高校野球部の存在です。春のセンバツ、夏の選手権大会を通じて幾度となく甲子園出場を果たしており、記憶に新しい夏の甲子園での堂々たる快進撃は長崎県民に大きな感動を与えました。私立強豪校がひしめく現代の高校野球界において、公立の商業高校でありながら全国トップレベルと互角以上に渡り合う姿は「公立の雄」そのものです。
グラウンド環境の充実はもちろんのこと、指導陣の緻密な戦術眼、そして選手一人ひとりの高い自主性が伝統として受け継がれています。プロ野球選手や社会人野球で活躍するOBも多く、中学生の硬式・軟式球児が憧れを抱いて長商の門を叩く大きな原動力となっています。
もちろん、活躍しているのは野球部だけではありません。長崎商業の部活動は運動部・文化部を問わず極めて盛んです。ソフトボール部、バドミントン部、陸上競技部などの運動部が県大会上位の常連である一方、文化部では全国屈指の演奏力を誇る吹奏楽部や、簿記・電卓・情報処理といった商業高校特有の競技大会で全国制覇を争う実力派クラブが多数存在します。「部活に全力で打ち込みながら、確かな実務スキルを身につける」という土壌が、学校全体に根付いています。
