ゼラチンと寒天を使い分ける第一歩は、それぞれの原材料と主成分の違いを正しく知ることにあります。外見上の類似性に反して、生物学的なルーツは「動物」と「植物（海藻）」という対極の位置にあります。
ゼラチンの原料は、主に豚や牛の皮や骨です。これらに含まれる結合組織の主成分「コラーゲン」を加熱抽出・精製した純粋な動物性タンパク質で構成されています。そのため、100gあたりのカロリーは約344kcalと高めですが、1回のお菓子作りで使用する量は数グラム（5gで約17kcal）程度です。体内に入るとアミノ酸に分解・吸収され、肌や関節を構成するコラーゲンの補給源としての機能的側面を持っています。
一方、寒天の原料は、テングサ（天草）やオゴノリといった紅藻類の海藻です。海藻を煮出して凍結乾燥させた多糖類（アガロースやアガロペクチン）が主成分となっています。寒天の約8割は水溶性および不溶性の食物繊維で占められており、100gあたりのエネルギーは実質ほぼ0kcal（日本食品標準成分表では3kcal程度）です。糖質もゼロに近いため、糖質制限ダイエットや腸内環境の改善を目的としたヘルスケア用途にも幅広く活用されています。
また、製菓の現場では第3の凝固剤として「アガー（凝固剤製剤）」も定番です。アガーはスギノリなどの海藻から抽出されるカラギーナンや、マメ科植物の種子から採れるローカストビーンガムなどを原料とした植物由来素材で、ゼラチンと寒天の中間に位置する「ふるふるとした透明感」を生み出します。
