短時間航路でありながら、国道九四フェリーの船内設備は長距離クルーズ船に匹敵する快適性を備えています。就航している各船内には、靴を脱いで手足を伸ばせる伝統的な「2等カーペット席」のほか、個別リクライニングシートを備えた「特等席」や「1等ラウンジ」、さらにはマッサージチェアや展望デッキがレイアウトされています。
全船でフリーWi-Fiやスマートフォンの充電設備が拡充されており、ビジネスパーソンや若年層のニーズにも完全対応しています。また、エレベーターやバリアフリートイレ、授乳室が完備されているため、高齢者や乳幼児連れのファミリー層でもストレスのない移動が担保されています。わずか70分の船旅とはいえ、波穏やかな瀬戸内・宇和海から外洋のうねりが交わる海域を航行するため、船内売店で酔い止め対策を講じる旅行者も見られます。
一方で、天候急変による運航リスク管理は欠かせません。豊後水道は台風の接近時のみならず、春先の濃霧（視程制限）や冬場の発達した低気圧に伴う強風・高波の影響をダイレクトに受けます。こうした突発的な運休に対処するため、国道九四フェリーの欠航情報やリアルタイムの運航状況を把握するルートを確保しておく必要があります。
運航状況は、公式サイトトップページの「本日の運航状況」バナーにて随時更新されるほか、公式LINEや公式X（旧Twitter）での緊急プッシュ通知が最も速報性に優れています。「条件付き運航（気象悪化により途中で引き返す可能性のある運航）」が表示された場合は、直ちに欠航へ移行する前兆であるため、無理に三崎港へ向かわず、八幡浜港発着の別航路（八幡浜〜別府・臼杵航路）への振替や陸路ルートへの切り替えを即座に判断する決断力が求められます。
