国公立大学医学部の中で、滋賀医科大学医学科は「中堅上位〜上位群」に位置づけられています。大手予備校の最新模試データ（河合塾・駿台等）によると、医学科の偏差値は65.0〜67.5、大学入学共通テストにおけるボーダーラインは81%〜84%前後で推移しています。新課程入試が定着した現在も、数学・理科の記述力に長けたハイレベルな受験生が集結する激戦区です。
一方、看護学部の偏差値は50.0〜52.5、共通テストボーダーは62%〜65%となっており、国公立看護系としては標準的からやや高めの難易度を誇ります。単科医大ならではの充実した設備と、医学科生と同じ敷地で学ぶチーム医療教育が評価され、関西圏のみならず東海・北陸エリアからの志願者も目立ちます。
入試の合否を左右するのは、共通テストと二次試験の絶妙な配点バランスです。医学科一般選抜（前期日程）では、共通テスト600点、二次試験600点（学力検査＋面接）の1対1の総合力勝負が展開されます。共通テストで仮に目標値から数ポイント下回ったとしても、配点の高い二次試験の数学・理科・英語の記述試験で挽回が可能な構造となっています。
