小樽市総合博物館本館の所要時間は、どのような目的で回るかによって大きく変動します。敷地面積が約5.8ヘクタールと東京ドームを上回る規模を持つため、駆け足で見学した場合でも約60分、アイアンホース号への乗車や科学展示の体験、プラネタリウム鑑賞までじっくり楽しむ場合は2時間〜2時間半を想定しておくのが確実です。
特にタイムテーブルの把握が必須となるのが、以下の2大スケジュール展示です。
まず、アイアンホース号の運行時間は、夏期期間中の土日祝日で1日3〜4回（例：11:30、13:30、15:30等）、平日で1日2〜3回程度設定されています。天候や車両メンテナンスによって運行本数が変更される場合があるため、入館直後にエントランスの当日の運行案内板を確認することが鉄則です。
次に、本館2階にあるプラネタリウムの上映時間です。季節ごとの星座や小樽の夜空を専門スタッフの生解説とともに投影する人気プログラムで、平日は午後1〜2回、土日祝日は午前と午後を合わせて3〜4回の上映枠が組まれています（1回あたり約30〜40分間）。座席数に限りがあるため、鑑賞希望の場合は上映開始の15分前には2階フロアへ向かいましょう。
効率的な回り方としては、入館直後にSL運行とプラネタリウムの時刻を照合し、空いた時間で屋内常設展示（しづか号や北海道の交通史）と屋外の実物車両展示場（キハ82系特急気動車やDD14形ロータリー除雪車など）を巡るルートが最も無駄がありません。
