鹿児島市電の運賃システムにおける最大の利点であり基本原則となっているのが、全線均一運賃制度です。北端の鹿児島駅前停留場から南端の谷山停留場まで、営業キロ約13.1キロメートルの全系統において、どれだけ長く乗っても、ひと停留場だけの短距離であっても同一の料金が適用されます。
2026年現在における大人普通運賃は200円、小児運賃は100円に設定されています。小児料金の年齢区分は小学生(6歳以上12歳未満)が対象です。小学校就学前の「幼児(1歳以上6歳未満)」については、運賃を支払う乗客1名につき2名まで同伴無料となり、3人目からは1人あたり小児運賃(100円)が必要となります。また、1歳未満の「乳児」は人数にかかわらず完全無料です。
公営交通としての社会的セーフティネットも整備されており、身体障がい者手帳、療育手帳、精神障がい者保健福祉手帳を所持する方向けに障がい者割引が用意されています。降車時に乗務員へ手帳(各種手帳アプリ「ミライロID」含む)を提示することで運賃が5割引となり、大人100円・小児50円で利用できます。第1種身体障がい者や第1種知的障がい者、精神障がい者1級の方に同伴する介護人1名も同様に5割引の対象となります。