大人のケース以上に厳格な注意が求められているのが、小児への咳止め薬の使用です。かつては子どもの風邪に対してもシロップ剤などの咳止めが当たり前のように処方されていましたが、現在では子どもに咳止め薬が非推奨な経緯が世界的な医学的コンセンサスとなっています。
発端となったのは、欧米の医薬品規制当局による調査です。米国食品医薬品局（FDA）や欧州医薬品庁（EMA）は、小児が中枢性鎮咳薬（特にコデイン類）を代謝する際、遺伝的素因によって薬物が体内で急速にモルヒネへと変換され、重篤な呼吸抑制や呼吸停止、最悪の場合は死亡事故に至る危険性を警告しました。これを受けて日本国内でも厚生労働省が指示を出し、12歳未満の小児に対するコデイン類を含む医薬品の投与が原則禁忌に指定されました。
さらに、コデイン以外の非麻薬性咳止め薬についても、小児の急性気道感染症に対して有効性を示す質の高い臨床エビデンスは乏しく、むしろ幻覚や異常行動などの副作用被害が懸念されています。世界保健機関（WHO）や各国の小児科学会では、子どもの夜間の咳に対して薬物治療ではなく、1歳以上であればハチミツの摂取（※ボツリヌス症リスクのため1歳未満には厳禁）や適切な室内加湿を第一選択として推奨しています。
